Những nghiên cứu đầu tiên về loài tê giác Java từ các nhà tự nhiên học ngoại quốc diễn ra vào năm 1787, khi hai con vật bị bắn chết tại Java. Xương sọ của chúng được gửi tới nhà tự nhiên học người Đức danh tiếng Petrus Camper, tuy vậy Camper đã mất vào năm 1789 trước khi có thể công bố khám phá mới của ông rằng những con tê giác sống ở Java là một loài riêng biệt. Một con tê giác Java khác bị Alfred Duvaucel bắn tại đảo Sumatra, sau đó ông đã gửi mẫu vật tới người cha dượng của mình là Georges Cuvier, một nhà khoa học nổi tiếng người Pháp. Cuvier đã công nhận đây là một loài mới vào năm 1822, và trong năm đó nó được Anselme Gaëtan Desmarest định danh bằng danh pháp khoa học Rhinoceros sondaicus. Đó là loài cuối cùng trong họ Tê giác được xác định[5]. Desmarest lúc đầu đã coi tê giác Java là sinh vật từ đảo Sumatra, về sau ông đã thay đổi để nói rằng mẫu vật mà ông nghiên cứu đến từ đảo Java[2].

Tên khoa học của chi Rhinoceros, bao gồm cả loài tê giác Ấn Độ, có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp, rhino có nghĩa là mũi, và ceros có nghĩa là sừng. Sondaicus bắt nguồn từ sunda, vùng địa sinh học bao gồm các đảo lớn Sumatra, Java, Borneo cùng các hòn đảo nhỏ hơn xung quanh. Nó thường được biết với tên Tê giác một sừng nhỏ (phân biệt với tê giác một sừng lớn, tức loài tê giác Ấn Độ) và ở Việt Nam quen gọi là Tê giác một sừng.

Tê giác Java có ba phân loài khác nhau, trong đó chỉ có hai là còn tồn tại:

• Rhinoceros sondaicus sondaicus, phân loài điển hình, được biết với tên Tê giác Java Indonesia, chỉ sống ở Java và Sumatra. Quần thể hiện nay còn khoảng 40-50 con, sống tại Vườn quốc gia Ujung Kulon nằm trên mũi phía Tây của đảo Java. Một nhà nghiên cứu đã đề xuất rằng tê giác Java ở Sumatra thuộc về một phân loài riêng biệt, có tên R.s. floweri, tuy nhiên ý kiến này không được chấp nhận rộng rãi[6][7].
• Rhinoceros sondaicus annamiticus là Tê giác một sừng Việt Nam hay còn biết với tên Tê giác Java Việt Nam hay Tê giác Việt Nam, sống ở Việt Nam, Lào, Campuchia, tới cả Thái Lan và Malaysia. Annamiticus bắt nguồn từ tên gọi Annamite của dãy Trường Sơn ở Đông Dương, một phần khu vực phân bố của loài này. Một quần thể đơn lẻ, ước lượng dưới 12 con, sống tại khu vực rừng đất thấp trong Vườn quốc gia Cát Tiên của Việt Nam. Phân tích di truyền cho thấy rằng hai phân loài còn tồn tại (ở Việt Nam và Indonesia) đã có cùng một tổ tiên chung cách đây khoảng chừng 300.000 đến 2 triệu năm trước[7][8]. Tuy nhiên, vào tháng 5 năm 2010, con tê giác cuối cùng của Việt Nam đã bị những tay săn trộm bắn chết ở vườn quốc gia Cát Tiên.[9] Vào tháng 10 năm 2011, tê giác Java Việt Nam đã chính thức được công bố là tuyệt chủng.[10][11] [12][13]
• Rhinoceros sondaicus inermis, tên thông thường Tê giác Java Ấn Độ, chỉ cư trú từ vùng Bengal đến Miến Điện, tuy nhiên nó được cho là đã tuyệt chủng vào thập niên đầu của thế kỷ 20. Inermis nghĩa là không có sừng, và đặc tính đặc trưng nhất của phân loài này là những chiếc sừng nhỏ ở các con đực, và thiếu mất sừng ở con cái (con được nghiên cứu đầu tiên của phân loài là một con cái không có sừng). Tình hình chính trị ở Miến Điện đã ngăn cản việc đánh giá loài tê giác Java Ấn Độ ở nước này, tuy vậy sự tồn tại của chúng đã được công nhận một cách không chắc chắn[14][15][16].

Tiến hóa

Những con tê giác tổ tiên bắt đầu tách ra từ những động vật guốc lẻ khác vào thời kỳ Tiền Eocen. Đối chiếu ADN ti thể cho thấy tổ tiên của những con tê giác hiện đại rẽ ra từ tổ tiên của họ Ngựa vào khoảng 50 triệu năm về trước[17]. Họ hiện nay, Rhinocerotidae, xuất hiện lần đầu vào cuối thế Eocen tại lục địa Á-Âu. Tổ tiên của những loài tê giác sống rải rác ở châu Á hiện nay bắt đầu xuất hiện trong thời kỳ thế Miocen[18].

Loài tê giác Ấn Độ và tê giác Java, hai thành viên duy nhất của chi Rhinoceros, xuất hiện trong các bằng chứng hóa thạch ở châu Á vào khoảng 1,6 đến 3,3 triệu năm về trước. Tuy nhiên, những đánh giá phân tử cho thấy những loài này có thể tách ra ở thời điểm sớm hơn nhiều, khoảng 11,7 triệu năm trước[17][19]. Dù thuộc về chi điển hình (tức là chi tiêu biểu, được lấy tên đặt cho họ), hai loài này không được cho là có mối quan hệ gần gũi với các loài tê giác khác. Những nghiên cứu khác đã đưa ra giả thuyết rằng chúng có thể gần gũi với các chi đã tuyệt chủng Gaindetherium và Punjabitherium. Một phân tích nguồn gốc phát sinh chi tiết về họ Tê giác đã đưa chi Rhinoceros và Punjabitherium vào cùng một nhánh với chi Dicerorhinus (tê giác Sumatra). Những nghiên cứu khác cho rằng tê giác Sumatra lại có quan hệ gần gũi hơn với hai loài tê giác châu Phi[20], chúng có thể tách ra từ những loài tê giác khác khoảng chừng 15 triệu năm trước đó[18][21].